La microbiota vaginal es el conjunto de microorganismos que vive de forma habitual en la mucosa vaginal de mujeres sanas. Los lactobacilos son dominantes en esta microbiota y son fundamentales en el mantenimiento del ecosistema vaginal, creando un pH vaginal ácido.
Cuando la concentración de lactobacilos en la vagina disminuye por debajo de un nivel crítico, microorganismos oportunistas o patógenos pueden aprovechar para colonizar e infectar la vagina o, desde allí,
alcanzar la uretra e infectar el aparato urinario.
Los factores que favorecen el desequilibrio de la flora vaginal son: el uso de tampones, los dispositivos intrauterinos (DIU), el uso de espermicidas, la menopausia, los tratamientos con antibióticos, antifúngicos y otros…
El desequilibrio de la microbiota vaginal se traduce en problemas vaginales (vulvovaginitis por el hongo Candida albicans, principalmente) y en infecciones del tracto urinario (sobre todo cistitis, la más frecuente producida por la bacteria Escherichia coli).